Башкирский кооперативный институт является одним из 15 филиалов автономной некоммерческой образовательной организации высшего образования Центросоюза Российской Федерации «Российский университет кооперации».

Российский университет кооперации является уникальным учебным заведением потребительской кооперации со стодесятилетней историей. Вуза по подготовке кадров для кооперации с такими традициями, ресурсами и достигнутым потенциалом нет ни в одной стране мира.

Процесс создания кооперативного вуза осуществлялся постепенно. Необходимость его создания была обусловлена тем, что в начале ХХ века (после первой русской революции) кооперативное движение в стране начало развиваться быстрыми темпами и потребность в организации подготовки кооперативных кадров со средним и высшим профессиональным образованием становилась все более актуальной.

Создание кооперативного вуза началось с кооперативной школы при Московском Народном университете имени А.Л. Шанявского. Имея все атрибуты высшего учебного заведения, школа вела  подготовку специалистов для торговой сети потребительской кооперации – управляющих магазинами, бухгалтеров, приказчиков. К обучению допускались, преимущественно, руководители кооперативов с образованием не ниже среднего учебного заведения.

Структура самостоятельного высшего учебного заведения – Всероссийского кооперативного института (ВКИ) была выстроена к 1918 году.

Штатный преподавательский состав института обладал высочайшей по тому времени квалификацией. Такого созвездия известных имен имели не все вузы Москвы и Петрограда. В вузе преподавали известные в России и за рубежом ученые-экономисты – М.И. Туган-Барановский, В.Н. Зельгейм, В.Ф. Тотомианц, А.Ф. Фортунатов, С.Н. Прокопович, С.А. Каблуков, Н.П. Макаров.

Значительный вклад в развитие учебного заведения внес выдающийся ученый, классик мировой экономической науки, лидер кооперативного движения в России – Александр Васильевич Чаянов.

В 1932 году учредителем вуза − Всероссийским центральным союзом потребительских обществ (Центросоюзом) для института был построен целый городок из шести пятиэтажных корпусов на Волоколамском шоссе.
В 1935 г. вуз стал называться Московским институтом советской кооперативной торговли (МИСКТ).

В годы Великой отечественной войны Московский институт советской кооперативной торговли был эвакуирован в Казахстан. Многие преподаватели, сотрудники и студенты МИСКТ ушли на фронт, в том числе студентка Вера Волошина. В 1994 году ей было присвоено звание Героя Российской Федерации посмертно.

В 1959 году вуз разместился в Мытищах Московской области и стал называться Московским кооперативным институтом.

В 1987 г. на основании постановления Совмина СССР учебное заведение получило статус учебно-научного комплекса потребительской кооперации  − УНК ПК «Московский кооперативный институт», включающим вуз, Всесоюзный научно-исследовательский институт потребительской кооперации и Институт повышения квалификации.

В 1992 году Московский кооперативный институт получил статус университета и был переименован в Московский университет потребительской кооперации, с 2006 года – в автономную некоммерческую организацию высшего профессионального образования Центросоюза Российской Федерации «Российский университет кооперации».

Судьба высшего кооперативного учебного заведения, как и всего профессионального образования России, была не простой. Но одно очевидно, что на протяжении всего времени существования вуза его значимость для развития системы потребительской кооперации, мирового кооперативного движения, для отраслей экономики России, трудно переоценить. Значение и влияние высшего учебного заведения проявлялось не только в подготовке кадров, но и в создании на базе вуза координирующего и направляющего центра научно-методической работы всех кооперативных учебных заведений. Хотя уже одно то, что за все время было подготовлено сотни тысяч выпускников для российской потребительской кооперации и более пяти тысяч кооператоров для стран Азии, Африки, Латинской Америки, Польши, Болгарии, стран СНГ и Балтии, ставит университет в ряд уникальных учебных заведений.

Филиал Российского университета кооперации − Башкирский кооперативный институт  был организован в 1995 году Постановлением Центросоюза Российской Федерации от 14.08.1995 № 366-П как учебно-консультационный пункт. В 1996 году постановлением правления Центросоюза Российской Федерации № 490-П, приказом по Московскому университету потребительской кооперации № 126-о от 27.12.1996 г. учебно-консультационный пункт переименован в Уфимский филиал Московского университета потребительской кооперации.

29 июля 2002 г. Уфимский филиал переименован в Башкирский кооперативный институт (филиал) образовательного учреждения Центросоюза Российской Федерации «Московский университет потребительской кооперации» (Постановление правления Центросоюза от 29.07.2002 г. №166-П).

15 июня 2004 г. переименован в Башкирский кооперативный институт (филиал) образовательного учреждения высшего профессионального образования Центросоюза Российской Федерации «Московский университет потребительской кооперации» (Постановление правления Центросоюза от 15.06.2004 г. №139-П).

В 2006 году постановлением правления Центросоюза Российской Федерации от 11.01.2006 г. № 1-П переименован в Башкирский кооперативный институт (филиал) автономной некоммерческой организации высшего профессионального образования Центросоюза Российской Федерации «Российский университет кооперации».

В 2014 году переименован в Башкирский кооперативный институт (филиал) автономной некоммерческой образовательной организации высшего образования Центросоюза Российской Федерации «Российский университет кооперации» (Решение Высшего Совета от 11.12.2013 г. №22/01-35/ВС).

За 27-летнюю историю учебно-консультационный пункт вырос в один из востребованных институтов г. Уфы и Республики Башкортостан. Учебный корпус филиала расположен в деловом центре города Уфы (ул. Ленина, 26).

Ректорами института работали: со дня его основания по 30.08.2009 г. – к.т.н., доцент Чуйков Александр Иванович, с 01.09.2009 по 19.04.2010 г. − к.с.н., доцент Брусенцова Лилия Самимовна, с 06.09.2010 г. по 16.07.2021 г. − к.и.н. Мазитов Фаниль Фаритович, с 17.07.2021 г. по 16.07.2022 г. − к.э.н. Байгильдина Альбина Ураловна. С 14 августа 2022 года ректором института является Шагапова Светлана Ураловна.

За период деятельности института получили дипломы бакалавров и специалистов более 3500 выпускников.

Среди выпускников института − представитель Республики Башкортостан в Челябинской области Баимов Альфир Зульфарович, начальник отдела бухгалтерского учета и отчетности Министерства лесного хозяйства Республики Башкортостан Казакова Наталья Геннадьевна, начальник финансово-экономического отдела Башсоюза Никандрова Светлана Николаевна, глава Администрации муниципального района Чекмагушевский район Республики Башкортостан Ямалеев Реканс Фанилевич, директор Бирского кооперативного техникума Ахунова Резеда Гератовна.

11 выпускников Башкирского кооперативного института руководят потребительскими обществами Республики Башкортостан, более 100 человек работают заместителями руководителей, начальниками отделов и ведущими специалистами в системе Башпотребсоюза. Всего для системы потребительской кооперации республики подготовлено более 400 бакалавров и специалистов с высшим образованием.